El nombre de “Ciudad Boquía” de la institución educativa fue tomado de la prima del cacique Calarcá (Quimbayas). En 1991 el barrio de Ciudad Boquía fue inagurado, posteriormente abriendo paso a la Institución Educativa Ciudad Boquía como consecuencia de la necesidad de un centro educativo para la gran cantidad de menores de edad que se encontraban en este sector con dificultades de transitar hacia las instituciones educativas de otros sectores de la ciudad. Luego, en 1992 se amplía la planta de personal docente dentro de la institución educativa, así como el ampliamiento de la infraestructura general de la institución educativa, esto mismo como consecuencia de la alta demanda de cupos escolares de la época.

La bandera de la Institución Educativa Ciudad Boquía está compuesta principalmente de dos colores, una bandera rectangular dividida paralelamente en dos secciones, una de estas secciones tiene el escudo de la institución educativa.

El escudo de la Institución Educativa Ciudad Boquía está compuesto de principalmente dos colores principales: El azul y el color blanco.

En este escudo también se puede ver el nombre de la institución educativa, un círculo dividido a la mitad.

Una de estas divisiones contiene los dos colores principales y las palabras "Amor", "Justicia" y "Educación" en ellas. La otra mitad del círculo tiene lo que parece ser un libro, una pluma y una imagen corta de Boquía, la sobrina del cacique Calarcá de los Quimbayas.